A vízminőség fontos hatással van az akvakultúrára. Ezért különösen fontos, hogy az akvakultúra ismerje az észlelési mutatókat, rendszeres vízminőség-ellenőrzéseket végezzen, és időben reagáljon a vízminőségi mutatók kiigazítására.
Az akvakultúra-vizek fő vizsgálati elemei a pH, az ammónia-nitrogén, az oldott oxigén, a nitrit, a szulfid és a sótartalom. Ezek közül az oldott oxigén és a megfelelő pH elengedhetetlen feltételek, míg az ammónia-nitrogén, a nitrit-nitrogén és a szulfid a halak és garnélák anyagcseréje által termelt fő mérgező anyagok. Ezen anyagok koncentrációjának pontos és időben történő mérése, majd a megfelelő intézkedések megtétele nagymértékben javíthatja a halak és garnélák túlélési arányát, és csökkentheti a tenyésztési költségeket.